迈克·简宁斯（本·阿弗雷克饰）正在被追杀，但是他却不知道为什么会被追杀。作为一名受雇于致力于顶级机密项目研究的高科技公司的计算机天才，简宁斯在每做完一个项目后，都会按例行惯例接受短期的记忆删除程序，其目的是保证项目中的机密信息不会被泄露。虽然代价是巨大的，但是报酬也是丰厚的，这次他所负责的是一个为期三年的机密项目，公司保证在项目完成后给予他44亿美元的天价报酬。

但是当简宁斯从洗脑程序中苏醒过来之后，他所得到的并不是那张44亿美元的巨额支票，而是一个装着证明他自愿放弃任何报酬声明的神秘信封。由于记忆已经失去，他没有任何办法验证此言的真假。所以信封成了他惟一的线索，随着线索的逐渐增多，FBI的探员也开始出现在他的生活中。

简宁斯终于知道了事情的复杂性，没有兑现的支票之后隐藏这不可告人的秘密。在与他一起工作了三年的同事雷切尔（乌玛·瑟曼饰）的帮助下，简宁斯必须与时间赛跑，在被灭口之前将脑海中紊乱的记忆碎片全部拼回原位，恢复昔日的记忆，并揭开谜团背后的巨大黑幕。