故事发生的时间是定在１９９X年之前，巨大的神秘行星【拉美图】，将会同地球相撞，时间是１９９９年０时９分９秒，人类将会在那次意外中灭亡，生存机率会是０.１﹪。

    故事开始是男主角《雨深初》在回到家的时候开始，正当《雨深初》正想走到自己家工场时，其父亲大声的说：【初仔，不要入来，快些走......】就发生大爆炸。一夜之间，《雨深初》就成为无父无母的孤儿。後来得到其叔父，雨深所长的收留，雨深所长是筑坡山天文台的所长。在那里，《雨深初》认识了女主角《雪野弥生》；同时亦得知世界将会遇到可怕的末日危机。

    《雨深初》为了了解其父身亡的原因，郄遇上了自称是【千年盗贼】的组识，并得知他父亲的意外是和另一组织有关，那就是【千年女王】。後来，《雨深初》遇到了【千年女王】组识的人，并来到地下大洞穴，认识到【千年女王】的助手，屋村管理人，女王墓地的守护者，当然还有《千年女王~雪野弥生》。

    《雨深初》明白其父的意外，是为了解救人类的希望的神秘能源发生的爆炸；并不是和【千年女王】有关。同时《雨深初》亦明白其父的意愿，也有著父亲的遗愿，尽自己的一点力，联合【千年盗贼】和【千年女王】的两大组织合同解救人类的未来；但是【千年女王】的助手并不赞成这样，从中作梗，还联略了【拉美图】的皇后，派出了巨大的战舰舰队，还有新的【千年女王】到来。

    在【千年女王】的继任人选之战中，《雪野弥生》成为了新任的【千年女王】。同时【千年盗贼】也和巨大的战舰舰队决战，还得到【千年女王】的帮助，将巨大的战舰舰队消灭，但舰队的总指挥郄暗中的逃到地球，并且联略上【千年女王】的助手，收集《千年女王~雪野弥生》的种种罪証。而且从中破坏【千年盗贼】和【千年女王】合作的事儿。

    经过无数次的联络，【千年盗贼】和【千年女王】终得到互相的信任，而且解决了舰队的总指挥；但【千年女王】的助手郄给逃掉，成为日後的一个恶果。

    後来【千年女王】去到自己的故乡【拉美图】或星，请求皇后救救地球人，但【拉美图】皇后也无能为力，不是她不想救地球人，而是身为【拉美图】的统治者，对自己的子民也要顾及他们；而且这是宇宙自然的定律，她也无法帮助。最後【千年女王】只有和地球的【千年盗贼】他们一同想办法去救地球人。

    时间越来越逼近，地球上自私的人类开始为离开地球的太空船而产生争夺战，而逃离的人也因意外而死亡，原本准备好的方法，也因自私的地球人，而变成不可行，而且在过程中，更发现了人类自以为是的阶级观念。虽然人类是如此这般的令人无法去解救他们，但并不是所有人都是这样。在或星【拉美图】的来临时，气象发生了变化，但人们努力地去自救，这让《雨深初》明白人类并不是全都是无可救药，亦令到【千年女王】积极的去找办法。

    最後经过多番努力，超巨型的太空母舰完成了，而同时地下的巨大洞穴内的建筑物可以容立大部份的地球人，但是生存的机率只是增加到１﹪。而【千年盗贼】亦去到【拉美图】或星告诉皇后，其女儿为人类所付出的爱心，而【千年盗贼】对於有这样一个妹妹，觉得是天大的一个鼓励，【千年盗贼】就是【千年女王】的姊姊。

    末日的日子来临，【千年女王】坐著超巨型的太空母舰走到【拉美图】或星前，将本身天生的超自然力量发挥出来，令到两星球没有撞上，但【千年女王】郄因动用了过大的力量，消失於太空中。

    而这故事就成为《雨深初》的一个《千年女王的传说》，也是人类的一个《千年女王的传说》。